O SISJERN foi criado em decorrência de a Constituição Federal em seu art. 37, § VI, haver permitido a livre associação, sindical dos servidores públicos civis. A lei permitiu que a assembléia realizada em 10 de maio de 1989 transformasse a Associação dos Oficiais de Justiça do Estado do Rio Grande do Norte - ASSOJERN em SISJERN. A nova entidade passou a unificar, na luta, todas as categorias de servidores efetivos do quadro do Poder Judiciário do Estado.

O Estatuto Social reformado com a nova denominação foi publicado no Diário Oficial do Estado na edição do dia 24/05/1989. O SISJERN elegeu como símbolo a figura de um elefante - representado a força e os limites fronteiriços do estado, segurando em sua tromba ema balança - representado a justiça.

O Sindicato tem como data de sua fundação o dia 19 de junho de 1989, por esse ser o dia de seu registro no 2º Ofício de notas de Natal.